Дело рассматривал Мосгорсуд, но заседания проходили в колонии строгого режима в поселке Мелехово Владимирской области, где Навальный отбывал наказание по другому делу (в 2022 году Лефортовский суд признал его виновным в мошенничестве и неуважении к суду и приговорил к 9 годам колонии строго режима).
После вынесения решения по делу об экстремизме Навальный был переведен для отбывания наказания в колонию в поселке Харп Ямало-Ненецкого округа.
16 февраля 2024 года управление ФСИН по Ямало-Ненецкому автономному округу сообщило о смерти Алексея Навального. Указывалось, что после прогулки он почувствовал себя плохо и потерял сознание. Врачи констатировали его смерть.